昌平區國家稅務局位于昌平區鼓樓南街23號，全局共設置內設機構（正科級）13個，包括辦公室、政策法規科、貨物和勞務稅科、征收管理科、收入核算科、納稅服務科（納稅服務中心）、人事科、教育科、所得稅科、財務管理科、、進出口稅收管理科、監察室，設有機關黨委辦公室和離退休干部科（掛靠人事科），設直屬機構2個，即昌平區國家稅務局稽查局和車輛購置稅征收管理分局，設置三個事業單位，即信息中心、票證中心、機關服務中心。另外，全局共設置基層稅務所8個。

貫徹執行國家的各項稅收法律、行政法規和規章以及北京市國家稅務局制定的各項具體規定和辦法。根據北京市國家稅務局下達的稅收計劃指標負責組織各項稅收收入，發揮稅收管理經濟調控職能。負責本地區各稅的征收管理工作。監督檢查本地區納稅人執行國家稅收法規和規章的情況。

增值稅；消費稅；中央企業所得稅；中央與地方所屬企事業單位組成的聯營企業、股份制企業所得稅及2002年以后開辦企業所得稅管理；地方銀行和非銀行金融企業營業稅和所得稅；境內外商投資企業和外國企業的增值稅、消費稅、企業所得稅及金融、保險營業稅；國務院、國家稅務總局明確由國家稅務局負責征收管理的其他有關稅費。

1.信息中心
落實稅收管理信息化建設規劃和實施方案，執行信息系統管理制度和技術標準；承擔本單位信息化建設的技術支持、保障工作；承擔稅收管理信息系統的運行維護工作；組織本單位信息安全管理與實施；組織本單位信息化專業知識技術培訓。
2.機關服務中心
承擔本單位后勤事務的管理、保障和服務工作，擬訂本單位事務具體工作制度并組織實施；承擔本單位固定資產、辦公用品的采購、保管、分配、維修；參與本單位后勤體制改革工作。
3.票證中心
負責落實發票管理的法律法規、部門規章及規范性文件；承擔局級發票庫房的管理工作。

稅務一所
負責全區私營以上企業的稅務登記、納稅申報、稅款征收、行政處罰、發票認證、發票發售、電子申報推廣、納稅證明開具等業務；依申請行政審批事項的受理及辦理；其他審批、備案類文書的受理及辦理；負責昌平區昌平鎮、昌平城北辦事處、馬池口鎮、南邵鎮、長陵鎮、十三陵鎮、延壽鎮、十三陵特區轄區的個體工商戶稅務登記、發票發售工作；納稅服務部分職責的落實；其他應在辦稅服務廳辦理的涉稅事宜。
稅務二所
負責昌平區南口鎮、陽坊鎮、流村鎮、南口農場地區私營以上企業的日常監督與管理、納稅評估、收入計劃落實等工作；轄區內個體工商戶、集貿市場的日常涉稅業務辦理和服務；其他涉稅管理工作。
稅務三所
負責昌平區沙河鎮、百善鎮、回龍觀鎮、東小口鎮、北郊農場地區私營以上企業的日常監督與管理、納稅評估、收入計劃落實等工作；轄區內個體工商戶、集貿市場的日常涉稅業務辦理和服務；其他涉稅管理工作。
稅務四所
負責昌平區小湯山鎮、興壽鎮、崔村鎮、北七家鎮地區私營以上企業的日常監督與管理、納稅評估、收入計劃落實等工作；轄區內個體工商戶、集貿市場的日常涉稅業務辦理和服務；其他涉稅管理工作。
稅務五所
負責中關村科技園區昌平園內注冊企業及外商投資企業的日常監督與管理、納稅評估、收入計劃落實等工作；其他涉稅管理工作。
稅務六所
負責全區個體工商戶的定額評稅、發票審批、稅額調整、分析匯總申報、納稅評估、文書審批業務等工作；負責昌平區昌平鎮、昌平城北辦事處、馬池口鎮、南邵鎮、長陵鎮、十三陵鎮、延壽鎮、十三陵特區轄區個體工商戶的日常涉稅業務辦理和服務；全區集貿市場的代征代開協議簽訂、稅額核定、稅額調整、管理監督和評估等工作；其他涉稅管理工作。
稅務七所
負責昌平區城南辦事處、城北辦事處、馬池口鎮、南邵鎮、長陵鎮、延壽鎮、十三陵地區私營以上企業的日常監督與管理、納稅評估、收入計劃落實等工作；其他涉稅管理工作。
稅務八所
負責全區大企業的管理工作，圍繞稅源管理的要求和內容，開展日常監督與管理、納稅評估、收入計劃落實等工作；其他涉稅管理工作。
車輛購置稅征收管理分局
組織落實車輛購置稅征收管理規章制度及規范性文件；承擔車輛購置稅的征收管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務等工作；承擔車輛稅收一體化管理工作；對核定各類車輛最低計稅價格提出建議；管理使用車輛購置稅票證；保管使用車輛購置稅檔案。