昌平區國家稅務局位于昌平區鼓樓南街23號，全局共設置內設機構（正科級）13個，包括辦公室、政策法規科、貨物和勞務稅科、征收管理科、收入核算科、納稅服務科（納稅服務中心）、人事科、教育科、所得稅科、財務管理科、、進出口稅收管理科、監察室，設有機關黨委辦公室和離退休干部科（掛靠人事科），設直屬機構2個，即昌平區國家稅務局稽查局和車輛購置稅征收管理分局，設置三個事業單位，即信息中心、票證中心、機關服務中心。另外，全局共設置基層稅務所8個。
貫徹執行國家的各項稅收法律、行政法規和規章以及北京市國家稅務局制定的各項具體規定和辦法。根據北京市國家稅務局下達的稅收計劃指標負責組織各項稅收收入，發揮稅收管理經濟調控職能。負責本地區各稅的征收管理工作。監督檢查本地區納稅人執行國家稅收法規和規章的情況。
增值稅；消費稅；中央企業所得稅；中央與地方所屬企事業單位組成的聯營企業、股份制企業所得稅及2002年以后開辦企業所得稅管理；地方銀行和非銀行金融企業營業稅和所得稅；境內外商投資企業和外國企業的增值稅、消費稅、企業所得稅及金融、保險營業稅；國務院、國家稅務總局明確由國家稅務局負責征收管理的其他有關稅費。

1.辦公室
擬訂本單位年度工作計劃、有關工作制度；起草和審核重要文稿；負責本單位文電、機要、會務、檔案、督辦、信訪、保密、密碼等工作；承擔面向社會的稅收宣傳、新聞發布及本單位政務公開、政府信息公開工作；承辦網站運行和維護工作；組織稅收科研、學術交流工作；組織辦理人大代表建議和政協委員提案的有關事項。
2.政策法規科
組織落實綜合性稅收政策和政策執行情況反饋、調研；承辦機關稅收規范性文件合法性審核工作；承辦機關外綜合性稅收政策文件會辦工作；承辦重大稅收案件審理等重大稅收執法事項集體審理和稅務行政處罰工作；承辦稅務行政復議、行政應訟工作；組織實施稅收法律法規、部門規章及規范性文件執行情況的監督檢查；組織落實稅收執法責任制制度、稅收執法過錯責任追究制度，承擔稅收執法質量考核工作；配合財政、審計等部門對稅務部門的監督與審計工作。
3.貨物和勞務稅科
組織實施增值稅、消費稅、營業稅、車輛購置稅的征收管理工作，擬訂征收管理具體實施辦法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的政策效應分析、稅源管理，制定有關稅種的納稅評估辦法等；組織實施增值稅防偽稅控系統的推廣和應用，管理增值稅專用發票；指導有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟工作。
4.所得稅科
組織實施企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金（費）等征收管理工作，擬訂征收管理具體實施辦法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的納稅評估、稅源管理、稅基管理、匯算清繳等辦法；指導有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟工作。
5.收入核算科
牽頭編制年度稅收計劃，分配下達年度免抵調庫計劃；監督檢查稅款繳、退庫情況；開展稅收收入分析預測、稅收收入能力估算及重點稅源監控工作；承擔稅收會計核算、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收收入數據的綜合管理應用工作。
6.納稅服務科（納稅服務中心）
貫徹落實上級部門下達的納稅服務工作要求和辦稅服務廳管理等屬地化納稅服務工作；統籌規劃、組織協調和考評監督本單位各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；統籌調配本地納稅服務資源；組織實施納稅服務工作規范和操作流程；組織協調、實施面向納稅人的稅法宣傳、納稅輔導、咨詢服務等工作；組織落實納稅人權益保護規章制度及規范性文件；負責受理納稅服務的投訴和舉報，指導稅收爭議的調解等稅收法律救濟工作；承擔12366納稅服務熱線遠程座席、網站納稅服務欄目、短信系統的內容維護及運行管理工作。
7.征收管理科
組織落實綜合性稅收征管法律法規、部門規章及規范性文件，擬訂具體操作辦法；研究提出專業化征收管理和稅收征管規程完善的建議;組織實施稅收征管數據管理和應用辦法、綜合性納稅評估辦法，承辦征管質量考核、風險管理和稅收收入征管因素分析工作；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控器具推廣應用等方面的相關工作；組織落實個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。
8.財務管理科
制定有關財務管理的具體辦法；編制年度部門預算，對預算執行情況進行分析；組織實施會計核算、分析稅收成本，編制年終財務決算報表；負責國庫集中支付管理工作，編制用款計劃，辦理支付事項；承擔本單位基本建設、資產管理、政府采購、服裝管理工作；建立與落實內部控制制度，承擔本單位財務內部審計工作。
9.人事科
組織落實干部人事管理制度；承擔機構編制、干部任免、人員調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；負責本單位安全保衛工作。
10.教育科
制定教育培訓工作規劃、學歷教育工作規劃、年度計劃；組織實施本單位干部的全員教育培訓工作,開展培訓質量的考核與評估。
11.監察室
組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；監督檢查本單位科級領導干部貫徹民主集中制、黨風廉政責任制和廉政勤政的情況及選拔任用干部情況；組織協調本單位的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本單位工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處本單位工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察和糾風工作。
12.大企業和國際稅務管理科
承擔對大型企業的納稅服務工作；承擔對大型企業的稅源管理、納稅評估和日常檢查工作；承辦匯總（合并）納稅企業稅收日常檢查的有關工作；開展非居民稅收征收和管理工作；具體實施特別納稅調整工作；承擔有關稅收法律法規和國家（地區）間稅收協議、協定（安排）的具體執行工作；開展對境外投資企業的稅收服務和管理工作；承辦國際稅收情報交換具體工作；負責本單位外事工作。
13.進出口稅收管理科
組織實施進出口貿易稅收管理工作，貫徹落實各項進出口稅收政策，擬訂稅收管理具體實施辦法；承擔出口貨物退（免）稅的審核、審批工作；對進出口稅收政策執行情況進行日常監督與檢查；配合有關部門開展防范和打擊騙取出口退稅工作。
機關黨委辦公室　負責本單位的黨群工作；承擔本單位思想政治工作和精神文明建設；承擔入黨積極分子的教育培訓考察工作及發展黨員工作；負責本單位的工會、共青團等群眾組織工作。
離退休干部科（掛靠人事科）承擔本單位離退休干部的服務和管理工作。