北京鐵路運輸法院1982年5月1日開始辦案。案件管轄范圍：受理同級鐵路運輸檢察院依法提起公訴的刑事案件和符合法律規定的刑事自訴案件，以及涉及鐵路運輸、鐵路安全、鐵路財產的民事訴訟。2013年12月21日起，同時受理北京市部分城區內發生的運輸合同糾紛一審案件和保險糾紛一審案件。

北京鐵路法院初建于1954年3月，當時稱為“北京鐵路沿線專門法院”，1955年3月更名為“北京鐵路運輸法院”，1957年9月予以撤銷。1980年11月12日，北京鐵路運輸法院恢復籌建，1982年5月1日開始正式辦案。2012年6月6日，北京鐵路運輸法院納入國家司法管理體系，移交北京市委和北京市高級法院，實行屬地管轄 [1]  。
1982至2012年，作為設立在鐵路部門內部維護國家鐵路經濟命脈暢通的司法機關，北京鐵路運輸法院受理同級鐵路檢察院提起公訴的刑事案件和符合法律規定的刑事自訴案件，以及涉及鐵路運輸、鐵路安全、鐵路財產的民事訴訟一審案件。經最高人民法院批準、北京市高級人民法院指定，自2013年12月21日起，北京鐵路運輸法院同時受理北京市東城區、西城區、朝陽區、海淀區內發生的運輸合同糾紛一審案件和保險糾紛一審案件。

北京鐵路運輸法院恢復成立后，相繼在北京鐵路局北京分局101會議室、北京市朝陽區百子灣路31號、北京市豐臺區蓮花池東路130號辦公，2015年10月起遷至北京市海淀區北蜂窩路甲5號。


北京鐵路運輸法院現有9個部門，包括：政治處、辦公室、立案庭、審判監督庭、刑事審判庭、民事審判庭、執行庭、法警大隊、研究室。


近年來，北京鐵路運輸法院以“努力讓人民群眾在每一個司法案件中都感受到公平正義”為目標，以“執法辦案”為第一要務，依法履行審判職責，嚴格審判管理，隊伍執法辦案水平和素質能力不斷提升，為建設和諧社會首善之區和首都鐵路和諧發展做出積極努力。當前，設立跨行政區劃的人民法院是司法改革的重要任務之一。作為跨行政區劃司法改革資源的基層鐵路法院，北京鐵路運輸法院將不斷增強責任意識和擔當意識，繼續發揚頑強拼搏、勇于奉獻的優良傳統，凝心聚力辦好案子，帶好隊伍，搞好改革，努力為首都司法事業和司法改革貢獻力量。


2002年被榮記北京市法院集體三等功；2004年、2006年、2008年、2010年、2012年連續五屆蟬聯“北京市先進法院”稱號。